Para evidenciar coherencia con los postulados de la misión, visión y valores que plantea la institución, se construye el Proyecto Educativo de la Universidad San Marcos bajo la premisa de repensar y reconfigurar los horizontes institucionales, con la pretensión de explicitar las razones a las que responde la formalización de este proyecto. 

Para lograr cumplir con su misión y visión, las organizaciones deben alinear sus acciones cotidianas a su propósito.
En este sentido, la Universidad San Marcos desarrolla y articula su gestión buscando promover su quehacer desde una perspectiva filosófica que articula el porqué, el cómo y el qué de su motivación de manera congruente.